Son travail pour la télévision inclut une participation à l'épisode L'Incendiaire de la série télévisée X-Files, une année dans la série d'action Spécial OPS Force, des invitations et rôles récurrents dans Les Experts, The Practice : Bobby Donnell & Associés, Firefly, Special Unit 2, JAG, Star Trek : Voyager, Les Chroniques du mystère, Monk, Las Vegas (série télévisée) et Les Experts : Manhattan, entre autres.
Il a joué Badger, un patron du crime à moitié comique dans le style cockney pour la série de Joss Whedon, Firefly. Il a joué le rôle du méchant dans la saison 5 de la série télévisée 24 heures chrono, ainsi que l'adversaire tueur en série de Patricia Arquette dans Médium. Il apparaît sous les traits de Romo Lampkin dans les trois derniers épisodes de la troisième saison de Battlestar Galactica.
Plus récemment[Quand ?], il figurait au générique de Bionic Woman. Il apparaît également dans la série Leverage, où il incarne Jim Sterling, le contre-héros où des escrocs de haute-volée jouent les "Robins des bois", ainsi que le démon Crowley dans Supernatural.
Les crédits de film de Sheppard incluent le film de Jim Sheridan Au nom du père — où il incarnait Patrick Armstrong, membre du Guildford Four — aux côtés de Daniel Day-Lewis et Emma Thompson. On y trouve également la comédie romantique Lover's Knot, le drame historique russe Out of the Cold, le thriller Unstoppable et, avec Heather Graham et Jeremy Sisto, le film noir indépendant Broken.